晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 小林爱 屋良有作 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 绪方贤一 山本圭子 上村典子 永岛由子 菅原淳一 江川央生 布目贞雄 羽佐间道夫 大塚周夫 纳谷六朗 玄田哲章 山路和弘 立木文彦 岛香裕 宇垣秀成 中岛聪彦 柳泽荣治 高濑右光 萤原彻 宫迫博之
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